在日本，经国家审查确认安全性、获批可在食品中使用的转基因作物共有8种。根据现行规定，以这些转基因作物为原料生产的33种食品中若转基因作物所占重量比例“居前三且在5%以上”，则必须注明“转基因”标识。若转基因作物与非转基因作物混合使用，则须标注“转基因未予分类”标识。
然而，若转基因作物使用重量较少，所占比例在第四位及以下或未满5%，则可以不标注。酱油、调味汁、菜籽油、玉米片等经过发酵、蒸馏及热处理等工序，重组基因被分解、去除而无法检测出的食品也不在需要标注的对象范围内。
另一方面，未使用转基因作物或仅无意中混入少量的食品可自行选择是否标明为“非转基因食品”。店铺中经常可以看到此类“非转基因食品”的标识。
转基因作物具有能抵抗特定害虫等特性从而提高生产效率，但也有人对其安全性表示担忧。也有消费者团体指出“转基因作物及食品大量上市，但标识制度却并不妥善，许多消费者在不知情的情况下食用了转基因食品”等，要求规定所有的加工食品都必须标注。
消费者厅正在调查从美国及加拿大进口的大豆及玉米中无意混入的转基因作物比例。此外还将对欧盟的标识制度进行调查。2017年春季前后结束调查，将在专家会议上对是否修正“居前三且在5%以上”等标准展开讨论。此后还将力争对食品标识标准等相关法令作出修改。
18926578588